O maior desafio na fase atual de desenvolvimento da aquaponia no Brasil é assegurar que essa atividade venha contribuir diretamente para a produção intensiva de alimentos em áreas rurais e peri-urbanas (ganhos de produção e produtividade), para o desenvolvimento e validação de sistemas fechados e integrados, garantindo o uso múltiplo e racional dos recursos hídricos, a maximização no aproveitamento dos nutrientes e a consequente redução na geração de efluentes (ganhos ambientais), além de proporcionar mais oportunidades de emprego e renda (ganhos sociais e econômicos).

Diante disso, o objetivo documento é indicar um conjunto de Boas Práticas de Manejo (BPM) para aprimorar o monitoramento da qualidade da água e da avaliação do desempenho produtivo dos sistemas de aquaponia em uso no país, bem como em outros modelos (ou sistemas) aplicáveis a nossa realidade. Vale destacar, que não se trata de comparar diferentes sistemas de aquaponia, já que essa questão é bastante discutida em vários trabalhos que comprovam as vantagens e desvantagens de cada um (FAO, 2016; PATTILLO, 2017). O propósito é justamente indicar um conjunto de BPM para melhoria da qualidade da água e prevenção de doenças de peixes e plantas em sistemas de aquaponia. 

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